イオンとは一般には溶液中にあって電離している物質のことですが、「マイナスイオン」という場合は、大気中に浮遊する物質で負に帯電している粒子のことを言います。それは窒素系の気体であったり、水蒸気であったり、あるいはそれらの固まりであったりして、個々には特定しがたいところがありまだ実態が不明確なところもあるようですが、とにかくそれは「イオン検出器」という装置で空気を吸い込んで、吸い込んだ空気の１ｃｃ当たりにいくつあるか、という形で検出することができます。つまり、物理的な実体としてマイナスイオンは存在しているということです。

大気中には、マイナスイオンがあれば、当然ですがプラスイオンもあります。正（プラス）に帯電して浮遊している粒子です。

地球物理学の一分野に地球大気学という領域があり、数十年にわたって多くの学者が研究を続けてきています。その中に、大気中のイオンについて研究する分野があります。
たとえば岡山理科大学のわだつみ先生（昨年退官されましたが）は、長年にわたって毎日、大気中のイオンのバランスを観測してきました。すると、ふだんは一定のイオンバランスが、ある日突然変動する、ということが起こるのです。そして、それから数日後に大きな地震がある、という予報を出します。
地中の岩石が強い圧力をうけてギシギシときしんで、放射性のガスや電気を放出し、それが大気中のイオンのバランスを変えるのです。